Du fait des aménagements pour la navigation depuis le début du 20e siècle et de dragages de sable démesurés, le lit principal a été surcreusé et le niveau des étiages s’est abaissé de 3 à 4 mètres depuis 1900, surtout depuis les années 1970 (chute de près de 2 mètres en quelques années). Bras et boires se sont alors retrouvés comme perchés au-dessus du chenal de navigation… Cette chute du niveau a aussi entraîné celle de la nappe d’accompagnement qui conditionne l’alimentation des zones humides de toute la vallée.
Le surcreusement du lit principal a eu des conséquences lourdes et multiples sur le milieu et les usages, provoquant en premier lieu l’assèchement caractérisé des annexes fluviales (bras, boires, marais), l’accélération du courant, de fortes érosions sur les rives et les ouvrages d’art, la remontée de la marée, du bouchon vaseux et de la salinité… Ce bouleversement a impacté aussi bien le paysage, la biodiversité et les frayères que la qualité de l’eau, l’agriculture, la pêche, la navigation traditionnelle, le cadre de vie, le tourisme… Répondant à l’émoi des riverains et à l’ampleur des dégradations, le premier Plan Loire engagé en 1994 a retenu dans ses priorités le relèvement de la ligne d’eau d’étiage dans la section aval.
Après un moratoire de réflexion de 1994 à 1999, deux interventions ont été expérimentées pour rééquilibrer le fleuve :
- en 2002/2003, l’installation de deux seuils à échancrures (ici même) pour remonter la ligne d’eau de 50 cm aux étiages en resserrant le courant. Malgré des effets positifs, ces ouvrages recouverts de géotextile ont été controversés pour leurs impacts sur le paysage et la navigation traditionnelle rendue difficile et dangereuse dans les passes (courants turbulents et rapides, jusqu’à 10 km/h)… On craignait aussi des problèmes pour la remontée de poissons migrateurs. Six à huit seuils de ce type étaient envisagés de Chalonnes à Nantes…
Les seuils expérimentaux du Fresne en 2005 resserrant le passage du courant au moyen de boudins en géotextile remplis de sable, établis sur une base d’enrochement…
- en 2009, le remodelage d’une centaine d’épis en amont de Chalonnes, abaissés et raccourcis pour ouvrir la section d’écoulement et favoriser la remobilisation du sable. Les effets ont été jugés satisfaisants, provoquant le ralentissement du courant et le rehaussement du fond du lit par les dépôts du sable remobilisé…
Tirant les leçons de ces expérimentations, les études ont abouti en 2015 à l’adoption d’un grand programme de rééquilibrage du lit visant à ouvrir la section d’écoulement, remobiliser le sable et diminuer la pente du fleuve.
Interventions retenues : le remodelage des épis sur deux sections du fleuve (Montjean-Ingrandes et Anetz-Oudon), l’ouverture contrôlée des bras et le réaménagement du seuil de Bellevue juste en amont de Nantes.
Après le démontage des boudins géotextiles du Fresne en 2017, la première phase du programme a été mise en œuvre en 2021 sur la section Montjean-Ingrandes (23 ouvrages remodelés ou supprimés). Le rééquilibrage de la section Anetz-Oudon a débuté en 2023 (103 ouvrages concernés) et le rétablissement du seuil de Bellevue est programmé en 2025.